La primera función sustantiva (1S) de la UDUALC es la defensa de la autonomía universitaria, entendida, como libertad de cátedra y de investigación, con pertinencia social, transparencia y rendición de cuentas. Pero también, como la capacidad de las instituciones para dictar sus propias normas y regirse por ellas; en suma: la libertad de gestión, de gobierno y de administración financiera. Impulsa un discurso afirmativo de derechos sociales y democráticos de la inclusión, la pluralidad, los derechos humanos, la solidaridad de los pueblos y el respeto del medio ambiente. La autonomía forma parte de una agenda social de los pueblos que garantiza el derecho humano a la educación, la libertad de pensamiento y de cátedra, la igualdad de género, la afirmación de la pluralidad y la diferencia, la interculturalidad y la descolonización de los saberes.